# BioGPT

[BioGPT](https://huggingface.co/papers/2210.10341) 是一个基于 [GPT-2](./gpt2) 的生成式 Transformer 模型，在 1500 万篇 PubMed 摘要上进行了预训练。它专为生物医学语言任务而设计。

您可以在 [Microsoft](https://huggingface.co/microsoft?search_models=biogpt) 组织下找到所有原始的 BioGPT 检查点。

> [!TIP]
> 点击右侧边栏中的 BioGPT 模型，以查看更多将 BioGPT 应用于不同语言任务的示例。

以下示例演示了如何使用 [Pipeline](/docs/transformers/main/zh/main_classes/pipelines#transformers.Pipeline)、[AutoModel](/docs/transformers/main/zh/model_doc/auto#transformers.AutoModel) 以及命令行来生成生物医学文本。

```python
from transformers import pipeline

generator = pipeline(
    task="text-generation",
    model="microsoft/biogpt",
    device=0,
)
result = generator("Ibuprofen is best used for", truncation=True, max_length=50, do_sample=True)[0]["generated_text"]
print(result)
```

```python
import torch

from transformers import AutoModelForCausalLM, AutoTokenizer

tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(
    "microsoft/biogpt",
    device_map="auto",
    attn_implementation="sdpa"
)

input_text = "Ibuprofen is best used for"
inputs = tokenizer(input_text, return_tensors="pt").to(model.device)

with torch.no_grad():
    generated_ids = model.generate(**inputs, max_length=50)

output = tokenizer.decode(generated_ids[0], skip_special_tokens=True)
print(output)
```

量化通过以较低精度表示权重来降低大模型的内存负担。有关更多可用的量化后端，请参阅 [量化](../quantization/overview) 概述。

以下示例使用 [bitsandbytes](../quantization/bitsandbytes) 仅将权重量化为 4 位精度。

```python
import torch

from transformers import AutoModelForCausalLM, AutoTokenizer, BitsAndBytesConfig

bnb_config = BitsAndBytesConfig(
    load_in_4bit=True,
    bnb_4bit_quant_type="nf4",
    bnb_4bit_compute_dtype=torch.bfloat16,
    bit_use_double_quant=True
)

tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/BioGPT-Large")
model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(
    "microsoft/BioGPT-Large",
    quantization_config=bnb_config,
    device_map="auto"
)

input_text = "Ibuprofen is best used for"
inputs = tokenizer(input_text, return_tensors="pt").to(model.device)
with torch.no_grad():
    generated_ids = model.generate(**inputs, max_length=50)
output = tokenizer.decode(generated_ids[0], skip_special_tokens=True)
print(output)
```

## 备注

- 由于 BioGPT 使用绝对位置嵌入，请在右侧填充输入。
- BioGPT 可以复用先前计算好的键值注意力对。在 `BioGPTModel.forward` 中，通过 [past_key_values](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptModel.forward.past_key_values) 参数即可使用此功能。

## BioGptConfig[[transformers.BioGptConfig]]

#### transformers.BioGptConfig[[transformers.BioGptConfig]]

```python
transformers.BioGptConfig(transformers_version: str | None = None, architectures: list[str] | None = None, output_hidden_states: bool | None = False, return_dict: bool | None = True, dtype: str | torch.dtype | None = None, chunk_size_feed_forward: int = 0, is_encoder_decoder: bool = False, id2label: dict[int, str] | dict[str, str] | None = None, label2id: dict[str, int] | dict[str, str] | None = None, problem_type: Literal['regression', 'single_label_classification', 'multi_label_classification'] | None = None, vocab_size: int = 42384, hidden_size: int = 1024, num_hidden_layers: int = 24, num_attention_heads: int = 16, intermediate_size: int = 4096, hidden_act: str = 'gelu', hidden_dropout_prob: float | int = 0.1, attention_probs_dropout_prob: float | int = 0.1, max_position_embeddings: int = 1024, initializer_range: float = 0.02, layer_norm_eps: float = 1e-12, scale_embedding: bool = True, use_cache: bool = True, layerdrop: float | int = 0.0, activation_dropout: float | int = 0.0, pad_token_id: int | None = 1, bos_token_id: int | None = 0, eos_token_id: int | list[int] | None = 2, tie_word_embeddings: bool = True)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/configuration_biogpt.py#L24)

**参数：**

vocab_size (`int`，*可选*，默认值为 `42384`)：模型的词汇表大小。定义了 `input_ids` 可以表示的不同 token 数量。

hidden_size (`int`，*可选*，默认为 `1024`)：隐藏表示的维度。

num_hidden_layers (`int`，*可选*，默认为 `24`)：Transformer 解码器中的隐藏层数。

num_attention_heads (`int`，*可选*，默认为 `16`)：Transformer 解码器中每个注意力层的注意力头数量。

intermediate_size (`int`，*可选*，默认为 `4096`)：MLP 表示的维度。

hidden_act (`str`，*可选*，默认为 `gelu`)：解码器中的非线性激活函数（函数或字符串）。例如，`"gelu"`、`"relu"`、`"silu"` 等。

hidden_dropout_prob (`Union[float, int]`，*可选*，默认值为 `0.1`)：嵌入层、编码器和池化器中所有全连接层的 dropout 概率。

attention_probs_dropout_prob (`Union[float, int]`，*可选*，默认值为 `0.1`)：注意力概率的 dropout 比率。

max_position_embeddings (`int`，*可选*，默认为 `1024`)：该模型可能使用的最大序列长度。

initializer_range (`float`，*可选*，默认值为 `0.02`)：用于初始化所有权重矩阵的 truncated_normal_initializer 的标准差。

layer_norm_eps (`float`, *可选*，默认为 `1e-12`)：层归一化层所使用的 epsilon。

scale_embedding (`bool`, *可选*, 默认为 `True`) : 是否通过将嵌入除以 sqrt(d_model) 来对其进行缩放。

use_cache (`bool`，*可选*，默认为 `True`)：模型是否应返回最后的键/值注意力（并非所有模型都使用）。仅当 `config.is_decoder=True` 或模型为仅解码器生成模型时相关。

layerdrop (`Union[float, int]`，*可选*，默认为 `0.0`)：LayerDrop 概率。有关更多详细信息，请参阅 [LayerDrop 论文](see https://huggingface.co/papers/1909.11556)。

activation_dropout (`Union[float, int]`，*可选*，默认值为 `0.0`)：全连接层内部激活值的 dropout 比率。

pad_token_id (`int`，*可选*，默认为 `1`)：词表中用于填充的 token id。

bos_token_id (`int`，*可选*，默认为 `0`)：词汇表中用于表示流开始的 token id。

eos_token_id (`Union[int, list[int]]`，*可选*，默认为 `2`)：词汇表中用于表示流结束（end-of-stream）的 token id。

tie_word_embeddings (`bool`，*可选*，默认为 `True`)：是否根据模型的 `tied_weights_keys` 映射来绑定权重嵌入。

这是用于存储 BioGptModel 配置的类。它根据指定的参数实例化 Biogpt 模型，并定义模型架构。使用默认值实例化配置将得到与 [microsoft/biogpt](https://huggingface.co/microsoft/biogpt) 类似的配置。

配置对象继承自 [PreTrainedConfig](/docs/transformers/main/zh/main_classes/configuration#transformers.PreTrainedConfig)，可用于控制模型输出。有关更多信息，请参阅 [PreTrainedConfig](/docs/transformers/main/zh/main_classes/configuration#transformers.PreTrainedConfig) 的文档。

示例：

```python
>>> from transformers import BioGptModel, BioGptConfig

>>> # Initializing a BioGPT microsoft/biogpt style configuration
>>> configuration = BioGptConfig()

>>> # Initializing a model from the microsoft/biogpt style configuration
>>> model = BioGptModel(configuration)

>>> # Accessing the model configuration
>>> configuration = model.config
```

## BioGptTokenizer[[transformers.BioGptTokenizer]]

#### transformers.BioGptTokenizer[[transformers.BioGptTokenizer]]

```python
transformers.BioGptTokenizer(vocab_file, merges_file, unk_token = '<unk>', bos_token = '<s>', eos_token = '</s>', sep_token = '</s>', pad_token = '<pad>', **kwargs)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/tokenization_biogpt.py#L44)

**参数：**

vocab_file (`str`) : 词汇表文件的路径。

merges_file (`str`) : 合并文件。

unk_token (`str`，*可选*，默认为 `"<unk>"`)：未知标记。不在词汇表中的标记无法转换为 ID，因此会被设置为该标记。

bos_token (`str`, *可选*, 默认为 `"<s>"`) : 预训练期间使用的序列起始标记。可用作序列分类标记。 在使用特殊标记构建序列时，序列起始处使用的并非此标记，而是 `cls_token`。

eos_token (`str`, *可选*, 默认为 `"</s>"`) : 序列结束标记。 在使用特殊标记构建序列时，序列结束使用的标记并非此标记，而是 `sep_token`。

sep_token (`str`，*可选*，默认为 `"</s>"`)：分隔符标记，用于从多个序列构建序列时，例如用于序列分类的两个序列，或用于问答的文本和问题。它也用作使用特殊标记构建的序列的最后一个标记。

pad_token (`str`，*可选*，默认为 `"<pad>"`)：用于填充的标记，例如在对长度不同的序列进行批处理时。

构建 FAIRSEQ Transformer 分词器。先进行 Moses 分词，然后执行字节对编码（Byte-Pair Encoding）。

该分词器继承自 [PreTrainedTokenizer](/docs/transformers/main/zh/main_classes/tokenizer#transformers.PythonBackend)，后者包含了大部分主要方法。用户应参考该父类以获取有关这些方法的更多信息。

#### save_vocabulary[[transformers.BioGptTokenizer.save_vocabulary]]

```python
save_vocabulary(save_directory: str, filename_prefix: str | None = None)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/tokenization_biogpt.py#L282)

## BioGptModel[[transformers.BioGptModel]]

#### transformers.BioGptModel[[transformers.BioGptModel]]

```python
transformers.BioGptModel(config: BioGptConfig)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L321)

**参数：**

config ([BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig))：模型配置类，包含模型的所有参数。使用配置文件进行初始化时，不会加载与模型关联的权重，仅加载配置。请查看 [from_pretrained()](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel.from_pretrained) 方法以加载模型权重。

未添加任何特定头部的裸 Biogpt 模型，直接输出原始隐藏状态。

该模型继承自 [PreTrainedModel](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel)。请查阅父类文档，了解该库为所有模型实现的通用方法（例如下载或保存、调整输入嵌入大小、剪枝头等）。

该模型也是 PyTorch [torch.nn.Module](https://pytorch.org/docs/stable/nn.html#torch.nn.Module) 的子类。请将其作为常规的 PyTorch Module 使用，有关通用用法和行为的所有事项，请参阅 PyTorch 文档。

#### forward[[transformers.BioGptModel.forward]]

```python
forward(input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, attention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, inputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = None, past_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = None, use_cache: bool | None = None, position_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, **kwargs: *<class 'transformers.utils.generic.TransformersKwargs'>)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L343)

**参数：**

input_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中 token 在词汇表中的索引。默认情况下，填充（padding）将被忽略。可以使用 [AutoTokenizer](/docs/transformers/main/zh/model_doc/auto#transformers.AutoTokenizer) 获取索引。有关详细信息，请参阅 [PreTrainedTokenizer.encode()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.encode) 和 [PreTrainedTokenizer.__call__()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.__call__)。[什么是输入 ID？](../glossary#input-ids)

attention_mask (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：用于避免对填充（padding）标记索引执行注意力机制的掩码。掩码值取自 `[0, 1]`： - 1 表示**未掩码**的标记， - 0 表示**已掩码**的标记。 [什么是注意力掩码？](../glossary#attention-mask)

inputs_embeds (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`，*可选*)：可选地，你可以选择直接传入嵌入表示，而不是传入 `input_ids`。如果你希望比模型内部的嵌入查找矩阵更精细地控制如何将 `input_ids` 索引转换为对应的向量，这将非常有用。

past_key_values (`~cache_utils.Cache`，*可选*)：预计算的隐藏状态（自注意力块和交叉注意力块中的键和值），可用于加速顺序解码。这通常由模型在解码的先前阶段返回的 `past_key_values` 组成，前提是 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True`。 仅允许 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例作为输入，请参阅我们的 [kv cache guide](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。如果未传入 `past_key_values`，则默认初始化 [DynamicCache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.DynamicCache)。 模型将输出与输入相同的缓存格式。 如果使用 `past_key_values`，则用户预期仅输入未处理的 `input_ids`（即未向此模型提供其过去键值状态的那些），其形状为 `(batch_size, unprocessed_length)`，而不是形状为 `(batch_size, sequence_length)` 的所有 `input_ids`。

use_cache (`bool`，*可选*)：如果设置为 `True`，则会返回 `past_key_values` 键值状态，可用于加速解码（参见 `past_key_values`）。

position_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中每个 token 在位置嵌入中的位置索引。取值范围为 `[0, config.n_positions - 1]`。[什么是位置 ID？](../glossary#position-ids)

**返回：** [BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions](/docs/transformers/main/zh/main_classes/output#transformers.modeling_outputs.BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions) 或 `tuple(torch.Tensor)`

一个 [BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions](/docs/transformers/main/zh/main_classes/output#transformers.modeling_outputs.BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions) 或 `torch.Tensor` 元组（如果传入了 `return_dict=False` 或 `config.return_dict=False`），其包含的元素取决于配置（[BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig)）和输入。

[BioGptModel](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptModel) 的 forward 方法重写了 `__call__` 特殊方法。

尽管前向传播的实现需要在此函数中定义，但之后应调用 `Module` 实例，而不是直接调用此函数，因为前者会负责执行预处理和后处理步骤，而后者会静默地忽略这些步骤。

- **last_hidden_state**（形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)` 的 `torch.Tensor`）-- 模型最后一层输出的隐藏状态序列。

  如果使用了 `past_key_values`，则仅输出形状为 `(batch_size, 1, hidden_size)` 的序列的最后一个隐藏状态。
- **past_key_values**（`Cache`，*可选*，在传入 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True` 时返回）—— 它是一个 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例。更多详情，请参阅我们的 [kv cache 指南](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。

  包含预计算的隐藏状态（自注意力块中的键和值，以及如果 `config.is_encoder_decoder=True` 则还包括交叉注意力块中的键和值），可用于（参见 `past_key_values` 输入）加速顺序解码。
- **hidden_states** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，在传入 `output_hidden_states=True` 或 `config.output_hidden_states=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（如果模型具有嵌入层，则包含嵌入层的输出，以及每一层的输出），形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`。

  模型在每一层输出处的隐藏状态，以及可选的初始嵌入输出。
- **attentions** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，当传入 `output_attentions=True` 或 `config.output_attentions=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（每层一个），形状为 `(batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)`。

  经过注意力 softmax 后的注意力权重，用于在自注意力头中计算加权平均值。
- **cross_attentions** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，当传入 `output_attentions=True` 且 `config.add_cross_attention=True`，或当 `config.output_attentions=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（每层一个），形状为 `(batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)`。

  解码器交叉注意力层在注意力 softmax 之后的注意力权重，用于在交叉注意力头中计算加权平均值。

## BioGptForCausalLM[[transformers.BioGptForCausalLM]]

#### transformers.BioGptForCausalLM[[transformers.BioGptForCausalLM]]

```python
transformers.BioGptForCausalLM(config: BioGptConfig)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L420)

**参数：**

config ([BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig))：模型配置类，包含模型的所有参数。使用配置文件进行初始化时，不会加载与模型关联的权重，仅加载配置。请查看 [from_pretrained()](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel.from_pretrained) 方法以加载模型权重。

带有 `language modeling` 头部的 BioGPT 模型，用于 CLM 微调。

该模型继承自 [PreTrainedModel](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel)。请查阅父类文档，了解该库为所有模型实现的通用方法（例如下载或保存、调整输入嵌入大小、剪枝头等）。

该模型也是 PyTorch [torch.nn.Module](https://pytorch.org/docs/stable/nn.html#torch.nn.Module) 的子类。请将其作为常规的 PyTorch Module 使用，有关通用用法和行为的所有事项，请参阅 PyTorch 文档。

#### forward[[transformers.BioGptForCausalLM.forward]]

```python
forward(input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, attention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, inputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = None, past_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = None, labels: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, use_cache: bool | None = None, position_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, logits_to_keep: typing.Union[int, torch.Tensor] = 0, **kwargs: *<class 'transformers.utils.generic.TransformersKwargs'>)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L438)

**参数：**

input_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中 token 在词汇表中的索引。默认情况下，填充（padding）将被忽略。可以使用 [AutoTokenizer](/docs/transformers/main/zh/model_doc/auto#transformers.AutoTokenizer) 获取索引。有关详细信息，请参阅 [PreTrainedTokenizer.encode()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.encode) 和 [PreTrainedTokenizer.__call__()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.__call__)。[什么是输入 ID？](../glossary#input-ids)

attention_mask (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：用于避免对填充（padding）标记索引执行注意力机制的掩码。掩码值取自 `[0, 1]`： - 1 表示**未掩码**的标记， - 0 表示**已掩码**的标记。 [什么是注意力掩码？](../glossary#attention-mask)

inputs_embeds (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`，*可选*)：可选地，你可以选择直接传入嵌入表示，而不是传入 `input_ids`。如果你希望比模型内部的嵌入查找矩阵更精细地控制如何将 `input_ids` 索引转换为对应的向量，这将非常有用。

past_key_values (`~cache_utils.Cache`，*可选*)：预计算的隐藏状态（自注意力块和交叉注意力块中的键和值），可用于加速顺序解码。这通常由模型在解码的先前阶段返回的 `past_key_values` 组成，前提是 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True`。 仅允许 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例作为输入，请参阅我们的 [kv cache guide](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。如果未传入 `past_key_values`，则默认初始化 [DynamicCache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.DynamicCache)。 模型将输出与输入相同的缓存格式。 如果使用 `past_key_values`，则用户预期仅输入未处理的 `input_ids`（即未向此模型提供其过去键值状态的那些），其形状为 `(batch_size, unprocessed_length)`，而不是形状为 `(batch_size, sequence_length)` 的所有 `input_ids`。

labels (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*) : 用于语言建模的标签。请注意，模型内部会对标签进行**移位**，因此您可以设置 `labels = input_ids`。索引选自 `[-100, 0, ..., config.vocab_size]`。所有设置为 `-100` 的标签都会被忽略（被掩码），损失仅针对 `[0, ..., config.vocab_size]` 范围内的标签进行计算。

use_cache (`bool`，*可选*)：如果设置为 `True`，则会返回 `past_key_values` 键值状态，可用于加速解码（参见 `past_key_values`）。

position_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中每个 token 在位置嵌入中的位置索引。取值范围为 `[0, config.n_positions - 1]`。[什么是位置 ID？](../glossary#position-ids)

logits_to_keep (`Union[int, torch.Tensor]`，*可选*，默认为 `0`)：如果为 `int`，则计算最后 `logits_to_keep` 个 token 的 logits。如果为 `0`，则计算所有 `input_ids` 的 logits（特殊情况）。生成过程只需要最后一个 token 的 logits，仅针对该 token 进行计算可以节省内存，对于长序列或大词汇量而言，这种节省相当可观。如果为 `torch.Tensor`，则必须是一维张量，对应于序列长度维度中需要保留的索引。这在使用打包张量格式（将批次和序列长度合并为单一维度）时非常有用。

**返回：** [CausalLMOutputWithCrossAttentions](/docs/transformers/main/zh/main_classes/output#transformers.modeling_outputs.CausalLMOutputWithCrossAttentions) 或 `tuple(torch.Tensor)`

一个 [CausalLMOutputWithCrossAttentions](/docs/transformers/main/zh/main_classes/output#transformers.modeling_outputs.CausalLMOutputWithCrossAttentions) 或 `torch.Tensor` 元组（如果传入了 `return_dict=False` 或 `config.return_dict=False`），其包含的元素取决于配置（[BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig)）和输入。

[BioGptForCausalLM](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptForCausalLM) 的 forward 方法重写了 `__call__` 特殊方法。

尽管前向传播的实现需要在此函数中定义，但之后应调用 `Module` 实例，而不是直接调用此函数，因为前者会负责执行预处理和后处理步骤，而后者会静默地忽略这些步骤。

- **loss** (`torch.Tensor`，形状为 `(1,)`，*可选*，当提供 `labels` 时返回) -- 语言建模损失（用于下一个 token 预测）。
- **logits**（形状为 `(batch_size, sequence_length, config.vocab_size)` 的 `torch.Tensor`）-- 语言建模头的预测分数（SoftMax 之前每个词汇表 token 的分数）。
- **hidden_states** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，在传入 `output_hidden_states=True` 或 `config.output_hidden_states=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（如果模型具有嵌入层，则包含嵌入层的输出，以及每一层的输出），形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`。

  模型在每一层输出处的隐藏状态，以及可选的初始嵌入输出。
- **attentions** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，当传入 `output_attentions=True` 或 `config.output_attentions=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（每层一个），形状为 `(batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)`。

  经过注意力 softmax 后的注意力权重，用于在自注意力头中计算加权平均值。
- **cross_attentions** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，在传入 `output_attentions=True` 或 `config.output_attentions=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（每层一个），形状为 `(batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)`。

  在注意力 softmax 之后的交叉注意力权重，用于在交叉注意力头中计算加权平均值。
- **past_key_values**（`Cache`，*可选*，在传入 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True` 时返回）—— 它是一个 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例。更多详情，请参阅我们的 [kv cache 指南](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。

  包含预计算的隐藏状态（注意力块中的键和值），可用于（参见 `past_key_values` 输入）加速顺序解码。

示例：

```python
```

## BioGptForTokenClassification[[transformers.BioGptForTokenClassification]]

#### transformers.BioGptForTokenClassification[[transformers.BioGptForTokenClassification]]

```python
transformers.BioGptForTokenClassification(config: BioGptConfig)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L487)

**参数：**

config ([BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig))：模型配置类，包含模型的所有参数。使用配置文件进行初始化时，不会加载与模型关联的权重，仅加载配置。请查看 [from_pretrained()](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel.from_pretrained) 方法以加载模型权重。

在 Biogpt transformer 之上添加一个用于 token 分类的头部（即在隐藏状态输出之上添加一个线性层），例如用于命名实体识别（NER）任务。

该模型继承自 [PreTrainedModel](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel)。请查阅父类文档，了解该库为所有模型实现的通用方法（例如下载或保存、调整输入嵌入大小、剪枝头等）。

该模型也是 PyTorch [torch.nn.Module](https://pytorch.org/docs/stable/nn.html#torch.nn.Module) 的子类。请将其作为常规的 PyTorch Module 使用，有关通用用法和行为的所有事项，请参阅 PyTorch 文档。

#### forward[[transformers.BioGptForTokenClassification.forward]]

```python
forward(input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, token_type_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, attention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, past_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = None, inputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = None, labels: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, use_cache: bool | None = None, position_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, **kwargs)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L502)

**参数：**

input_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中 token 在词汇表中的索引。默认情况下，填充（padding）将被忽略。可以使用 [AutoTokenizer](/docs/transformers/main/zh/model_doc/auto#transformers.AutoTokenizer) 获取索引。有关详细信息，请参阅 [PreTrainedTokenizer.encode()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.encode) 和 [PreTrainedTokenizer.__call__()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.__call__)。[什么是输入 ID？](../glossary#input-ids)

token_type_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：用于指示输入中第一和第二部分的段标记索引。索引选自 `[0, 1]`： - 0 对应 *句子 A* 的标记， - 1 对应 *句子 B* 的标记。 [什么是标记类型 ID？](../glossary#token-type-ids)

attention_mask (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：用于避免对填充（padding）标记索引执行注意力机制的掩码。掩码值取自 `[0, 1]`： - 1 表示**未掩码**的标记， - 0 表示**已掩码**的标记。 [什么是注意力掩码？](../glossary#attention-mask)

past_key_values (`~cache_utils.Cache`，*可选*)：预计算的隐藏状态（自注意力块和交叉注意力块中的键和值），可用于加速顺序解码。这通常由模型在解码的先前阶段返回的 `past_key_values` 组成，前提是 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True`。 仅允许 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例作为输入，请参阅我们的 [kv cache guide](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。如果未传入 `past_key_values`，则默认初始化 [DynamicCache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.DynamicCache)。 模型将输出与输入相同的缓存格式。 如果使用 `past_key_values`，则用户预期仅输入未处理的 `input_ids`（即未向此模型提供其过去键值状态的那些），其形状为 `(batch_size, unprocessed_length)`，而不是形状为 `(batch_size, sequence_length)` 的所有 `input_ids`。

inputs_embeds (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`，*可选*)：可选地，你可以选择直接传入嵌入表示，而不是传入 `input_ids`。如果你希望比模型内部的嵌入查找矩阵更精细地控制如何将 `input_ids` 索引转换为对应的向量，这将非常有用。

labels (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size,)`，*可选*)：用于计算序列分类/回归损失的标签。索引应在 `[0, ..., config.num_labels - 1]` 范围内。如果 `config.num_labels == 1`，则计算回归损失（均方损失）；如果 `config.num_labels > 1`，则计算分类损失（交叉熵）。

use_cache (`bool`，*可选*)：如果设置为 `True`，则会返回 `past_key_values` 键值状态，可用于加速解码（参见 `past_key_values`）。

position_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中每个 token 在位置嵌入中的位置索引。取值范围为 `[0, config.n_positions - 1]`。[什么是位置 ID？](../glossary#position-ids)

**返回：** [TokenClassifierOutput](/docs/transformers/main/zh/main_classes/output#transformers.modeling_outputs.TokenClassifierOutput) 或 `tuple(torch.Tensor)`

一个 [TokenClassifierOutput](/docs/transformers/main/zh/main_classes/output#transformers.modeling_outputs.TokenClassifierOutput) 或 `torch.Tensor` 元组（如果传入了 `return_dict=False` 或 `config.return_dict=False`），其包含的元素取决于配置（[BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig)）和输入。

[BioGptForTokenClassification](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptForTokenClassification) 的 forward 方法重写了 `__call__` 特殊方法。

尽管前向传播的实现需要在此函数中定义，但之后应调用 `Module` 实例，而不是直接调用此函数，因为前者会负责执行预处理和后处理步骤，而后者会静默地忽略这些步骤。

- **loss** (`torch.Tensor`，形状为 `(1,)`，*可选*，在提供 `labels` 时返回) -- 分类损失。
- **logits**（形状为 `(batch_size, sequence_length, config.num_labels)` 的 `torch.Tensor`）-- 分类分数（SoftMax 之前）。
- **hidden_states** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，在传入 `output_hidden_states=True` 或 `config.output_hidden_states=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（如果模型具有嵌入层，则包含嵌入层的输出，以及每一层的输出），形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`。

  模型在每一层输出处的隐藏状态，以及可选的初始嵌入输出。
- **attentions** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，当传入 `output_attentions=True` 或 `config.output_attentions=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（每层一个），形状为 `(batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)`。

  经过注意力 softmax 后的注意力权重，用于在自注意力头中计算加权平均值。

示例：

```python
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForTokenClassification
>>> import torch

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForTokenClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer(
...     "HuggingFace is a company based in Paris and New York", add_special_tokens=False, return_tensors="pt"
... )

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_token_class_ids = logits.argmax(-1)

>>> # Note that tokens are classified rather then input words which means that
>>> # there might be more predicted token classes than words.
>>> # Multiple token classes might account for the same word
>>> predicted_tokens_classes = [model.config.id2label[t.item()] for t in predicted_token_class_ids[0]]
>>> predicted_tokens_classes
...

>>> labels = predicted_token_class_ids
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss
>>> round(loss.item(), 2)
...
```

## BioGptForSequenceClassification[[transformers.BioGptForSequenceClassification]]

#### transformers.BioGptForSequenceClassification[[transformers.BioGptForSequenceClassification]]

```python
transformers.BioGptForSequenceClassification(config: BioGptConfig)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L571)

**参数：**

config ([BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig))：模型配置类，包含模型的所有参数。使用配置文件进行初始化时，不会加载与模型关联的权重，仅加载配置。请查看 [from_pretrained()](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel.from_pretrained) 方法以加载模型权重。

带有序列分类头（线性层）的 BioGpt 模型 Transformer。

[BioGptForSequenceClassification](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptForSequenceClassification) 使用最后一个 token 来进行分类，这与其它因果模型（例如 GPT-2）的做法一致。

由于它基于最后一个 token 进行分类，因此需要知道最后一个 token 的位置。如果配置中定义了 `pad_token_id`，它会查找每一行中最后一个非填充 token。如果未定义 `pad_token_id`，则直接取批次中每行的最后一个值。当传入 `inputs_embeds` 而非 `input_ids` 时，由于无法推断填充 token，它同样会取批次中每行的最后一个值。

该模型继承自 [PreTrainedModel](/docs/transformers/main/zh/main_classes/model#transformers.PreTrainedModel)。请查阅父类文档，了解该库为所有模型实现的通用方法（例如下载或保存、调整输入嵌入大小、剪枝头等）。

该模型也是 PyTorch [torch.nn.Module](https://pytorch.org/docs/stable/nn.html#torch.nn.Module) 的子类。请将其作为常规的 PyTorch Module 使用，有关通用用法和行为的所有事项，请参阅 PyTorch 文档。

#### forward[[transformers.BioGptForSequenceClassification.forward]]

```python
forward(input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, attention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None, past_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = None, inputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = None, labels: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, use_cache: bool | None = None, position_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None, logits_to_keep: typing.Union[int, torch.Tensor] = 0, **kwargs)
```

[来源](https://github.com/huggingface/transformers/blob/main/src/transformers/models/biogpt/modeling_biogpt.py#L581)

**参数：**

input_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中 token 在词汇表中的索引。默认情况下，填充（padding）将被忽略。可以使用 [AutoTokenizer](/docs/transformers/main/zh/model_doc/auto#transformers.AutoTokenizer) 获取索引。有关详细信息，请参阅 [PreTrainedTokenizer.encode()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.encode) 和 [PreTrainedTokenizer.__call__()](/docs/transformers/main/zh/internal/tokenization_utils#transformers.PreTrainedTokenizerBase.__call__)。[什么是输入 ID？](../glossary#input-ids)

attention_mask (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：用于避免对填充（padding）标记索引执行注意力机制的掩码。掩码值取自 `[0, 1]`： - 1 表示**未掩码**的标记， - 0 表示**已掩码**的标记。 [什么是注意力掩码？](../glossary#attention-mask)

past_key_values (`~cache_utils.Cache`，*可选*)：预计算的隐藏状态（自注意力块和交叉注意力块中的键和值），可用于加速顺序解码。这通常由模型在解码的先前阶段返回的 `past_key_values` 组成，前提是 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True`。 仅允许 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例作为输入，请参阅我们的 [kv cache guide](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。如果未传入 `past_key_values`，则默认初始化 [DynamicCache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.DynamicCache)。 模型将输出与输入相同的缓存格式。 如果使用 `past_key_values`，则用户预期仅输入未处理的 `input_ids`（即未向此模型提供其过去键值状态的那些），其形状为 `(batch_size, unprocessed_length)`，而不是形状为 `(batch_size, sequence_length)` 的所有 `input_ids`。

inputs_embeds (`torch.Tensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`，*可选*)：可选地，你可以选择直接传入嵌入表示，而不是传入 `input_ids`。如果你希望比模型内部的嵌入查找矩阵更精细地控制如何将 `input_ids` 索引转换为对应的向量，这将非常有用。

labels (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size,)`，*可选*)：用于计算序列分类/回归损失的标签。索引应在 `[0, ..., config.num_labels - 1]` 范围内。如果 `config.num_labels == 1`，则计算回归损失（均方损失）；如果 `config.num_labels > 1`，则计算分类损失（交叉熵）。

use_cache (`bool`，*可选*)：如果设置为 `True`，则会返回 `past_key_values` 键值状态，可用于加速解码（参见 `past_key_values`）。

position_ids (`torch.LongTensor`，形状为 `(batch_size, sequence_length)`，*可选*)：输入序列中每个 token 在位置嵌入中的位置索引。取值范围为 `[0, config.n_positions - 1]`。[什么是位置 ID？](../glossary#position-ids)

logits_to_keep (`Union[int, torch.Tensor]`，*可选*，默认为 `0`)：如果为 `int`，则计算最后 `logits_to_keep` 个 token 的 logits。如果为 `0`，则计算所有 `input_ids` 的 logits（特殊情况）。生成过程只需要最后一个 token 的 logits，仅针对该 token 进行计算可以节省内存，对于长序列或大词汇量而言，这种节省相当可观。如果为 `torch.Tensor`，则必须是一维张量，对应于序列长度维度中需要保留的索引。这在使用打包张量格式（将批次和序列长度合并为单一维度）时非常有用。

**返回：** `SequenceClassifierOutputWithPast` 或 `tuple(torch.Tensor)`

`SequenceClassifierOutputWithPast` 或 `torch.Tensor` 元组（如果传入 `return_dict=False` 或 `config.return_dict=False`），其包含的元素取决于配置（[BioGptConfig](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptConfig)）和输入。

[BioGptForSequenceClassification](/docs/transformers/main/zh/model_doc/biogpt#transformers.BioGptForSequenceClassification) 的 forward 方法重写了 `__call__` 特殊方法。

尽管前向传播的实现需要在此函数中定义，但之后应调用 `Module` 实例，而不是直接调用此函数，因为前者会负责执行预处理和后处理步骤，而后者会静默地忽略这些步骤。

- **loss** (`torch.Tensor`，形状为 `(1,)`，*可选*，当提供 `labels` 时返回) -- 分类损失（如果 config.num_labels==1，则为回归损失）。
- **logits**（形状为 `(batch_size, config.num_labels)` 的 `torch.Tensor`）-- 分类（或当 config.num_labels==1 时为回归）得分（SoftMax 之前）。
- **past_key_values**（`Cache`，*可选*，在传入 `use_cache=True` 或 `config.use_cache=True` 时返回）—— 它是一个 [Cache](/docs/transformers/main/zh/internal/generation_utils#transformers.Cache) 实例。更多详情，请参阅我们的 [kv cache 指南](https://huggingface.co/docs/transformers/en/kv_cache)。

  包含预计算的隐藏状态（自注意力块中的键和值），可用于（参见 `past_key_values` 输入）加速顺序解码。
- **hidden_states** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，在传入 `output_hidden_states=True` 或 `config.output_hidden_states=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（如果模型具有嵌入层，则包含嵌入层的输出，以及每一层的输出），形状为 `(batch_size, sequence_length, hidden_size)`。

  模型在每一层输出处的隐藏状态，以及可选的初始嵌入输出。
- **attentions** (`tuple(torch.Tensor)`，*可选*，当传入 `output_attentions=True` 或 `config.output_attentions=True` 时返回) -- 一个 `torch.Tensor` 元组（每层一个），形状为 `(batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)`。

  经过注意力 softmax 后的注意力权重，用于在自注意力头中计算加权平均值。

单标签分类示例：

```python
>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForSequenceClassification

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_class_id = logits.argmax().item()
>>> model.config.id2label[predicted_class_id]
...

>>> # To train a model on `num_labels` classes, you can pass `num_labels=num_labels` to `.from_pretrained(...)`
>>> num_labels = len(model.config.id2label)
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt", num_labels=num_labels)

>>> labels = torch.tensor([1])
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss
>>> round(loss.item(), 2)
...
```

多标签分类示例：

```python
>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForSequenceClassification

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt", problem_type="multi_label_classification")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_class_ids = torch.arange(0, logits.shape[-1])[torch.sigmoid(logits).squeeze(dim=0) > 0.5]

>>> # To train a model on `num_labels` classes, you can pass `num_labels=num_labels` to `.from_pretrained(...)`
>>> num_labels = len(model.config.id2label)
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained(
...     "microsoft/biogpt", num_labels=num_labels, problem_type="multi_label_classification"
... )

>>> labels = torch.sum(
...     torch.nn.functional.one_hot(predicted_class_ids[None, :].clone(), num_classes=num_labels), dim=1
... ).to(torch.float)
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss
```